Una prueba barata con tijeras genéticas identifica bacterias y resistencias en un solo tubo

Qué se hizo

Un equipo de Boston diseñó BADLOCK (prueba molecular cuyo nombre en inglés significa «detección de bacterias y de resistencia antimicrobiana con SHERLOCK»), una prueba barata pensada para hospitales sin laboratorio de microbiología avanzado. Parte de un hemocultivo que ya creció (o de orina) y, en una sola reacción en un tubo, busca nueve especies bacterianas y cuatro genes de resistencia importantes.

Se apoya en SHERLOCK (técnica de diagnóstico molecular creada en 2017 que usa la enzima Cas13a como detector). Su motor es una herramienta CRISPR (sistema de defensa de las bacterias que usa una guía de ARN para reconocer una secuencia genética exacta):

• La enzima Cas13a (proteína bacteriana que, guiada por un ARN corto, busca un ARN con la secuencia complementaria) lleva una guía diseñada para el gen de una especie o de una resistencia.
• Si ese gen está en la muestra, la enzima lo reconoce y se activa: empieza a cortar cualquier ARN que encuentre a su alrededor (el llamado corte colateral (actividad de la enzima ya activada que destruye ARN ajeno a su blanco, sin discriminar)).
• En el tubo hay ARN «reportero» con una molécula fluorescente apagada. Cuando la enzima lo corta, la fluorescencia se libera y la muestra brilla. Sin el gen, no hay corte y no hay señal.

Solo hace falta un bloque térmico y un fluorómetro sencillo: nada de termocicladores ni secuenciadores.

Qué encontraron

La validaron con 194 hemocultivos de pacientes, recogidos de forma consecutiva, en los que crecían bacilos gramnegativos, más 69 muestras simuladas preparadas con cepas guardadas y ricas en genes de resistencia. También la probaron en 43 muestras de infección urinaria, directamente, sin esperar al cultivo.

Cómo se compara con lo que ya se sabía

Existen paneles moleculares rápidos para hemocultivos positivos, pero son caros y exigen equipos que muchos hospitales de América Latina, África o Asia no tienen. Es en esos lugares donde la resistencia golpea más y donde más se trata a ciegas. Los autores la presentan como la primera vez que esta plataforma con Cas13a se usa en infecciones del torrente sanguíneo de pacientes reales.

Saber en horas, y no en días, si el germen lleva un gen de resistencia permite ajustar el antibiótico mientras el paciente todavía está grave.

Qué significa y qué no

• Es un estudio de precisión diagnóstica, no un ensayo clínico: no midió si los pacientes vivieron más o salieron antes del hospital.
• Solo incluyó gramnegativos; no sirve, por ahora, para estafilococos ni estreptococos.
• Una parte de las muestras era simulada y escogida para tener resistencias, lo que puede inflar el rendimiento frente a la práctica diaria.
• Detecta cuatro genes, no todos los mecanismos de resistencia. Un resultado negativo no garantiza que el germen sea sensible.
• Fue diseñada por grupos académicos de EE. UU.; falta validarla en los entornos de pocos recursos para los que fue pensada.

Fuentes del contexto

• Gootenberg JS, Abudayyeh OO, Lee JW, et al. Nucleic acid detection with CRISPR-Cas13a/C2c2. Science. 2017;356(6336):438-442. https://doi.org/10.1126/science.aam9321