Gonorrea: una herramienta lee el genoma del gonococo y propone el antibiótico para cada paciente

Qué se hizo

Un equipo del centro colaborador de la OMS para la gonorrea en Örebro (Suecia), con una investigadora de Valencia (España), diseñó SensiTyper, un programa basado en reglas que lee la secuenciación del genoma completo (lectura de todo el ADN de la bacteria; el programa busca en él cambios concretos ya conocidos por dar resistencia) de Neisseria gonorrhoeae y predice a qué antibióticos será sensible. Un segundo módulo, SensiTreat, convierte ese perfil en una recomendación de tratamiento ordenada, fármaco a fármaco.

Lo aplicaron a 13 701 genomas de gonococo de 68 países, recogidos entre 1928 y 2024, tanto de cultivos como de muestras clínicas analizadas directamente por técnicas moleculares, y compararon sus predicciones con datos genómicos y de laboratorio ya publicados. Es una validación analítica: comprueba si el programa acierta, no si los pacientes tratados según él se curan mejor.

Qué encontraron

Para medir el acierto se usan dos cifras. La sensibilidad (aquí, proporción de cepas realmente sensibles al antibiótico que el programa marca como sensibles; si es baja, se descartan fármacos que sí servirían) y la especificidad (aquí, proporción de cepas realmente resistentes que el programa marca como resistentes; si es baja, se le escapan resistencias y el fármaco podría fallar).

• Con los cuatro primeros fármacos, el acierto fue de 98,9 a 100 % en las dos medidas.
• Con la azitromicina, algo menor: 92,5 % de sensibilidad y 97,1 % de especificidad.
• Con la gepotidacina, un antibiótico oral nuevo, la especificidad fue de 0 %: el programa no reconoció ninguna de las cepas con resistencia leve medida en el laboratorio, porque esa resistencia no la explican los dos únicos cambios genéticos conocidos (en las enzimas GyrA y ParC, que desenrollan el ADN bacteriano y son la diana del fármaco). Hay mecanismos que todavía no se conocen, y para este fármaco el genoma aún no basta.

El programa además señala las cepas XDR (extremadamente resistentes, que no responden a casi ningún antibiótico de primera línea, incluida la ceftriaxona) para que un experto las revise, se haga una prueba de curación (nueva toma de muestra tras el tratamiento para confirmar que la bacteria desapareció) y se rastreen a fondo los contactos.

Por qué importa la resistencia del gonococo

El gonococo ha ido dejando atrás, uno tras otro, los antibióticos que se usaban contra él: penicilina, tetraciclinas, ciprofloxacino y, en parte, azitromicina. Hoy el tratamiento empírico descansa sobre todo en la ceftriaxona, y las cepas XDR ponen en riesgo esa última opción.

La idea de fondo es que tratar según el perfil de cada cepa permite usar un fármaco antiguo cuando sigue funcionando y guardar la ceftriaxona. Los autores muestran que SensiTreat puede configurarse para priorizar, por ejemplo, el ciprofloxacino cuando el genoma predice sensibilidad.

Qué significa y qué no

SensiTyper acierta casi siempre con ceftriaxona, ciprofloxacino, espectinomicina y zoliflodacina, pero no sirve todavía para la gepotidacina y falla algo más con la azitromicina.

• No es un ensayo clínico: no se trató a ningún paciente según sus recomendaciones ni se midió la curación.
• Se probó sobre genomas ya disponibles, recogidos a lo largo de casi un siglo; llevarlo a la consulta exige secuenciación rápida cerca del paciente.
• Al ser un sistema de reglas, hay que actualizarlo cada vez que se descubre un mecanismo de resistencia nuevo, como muestra el caso de la gepotidacina.

Fuentes del contexto

• Donà V, Low N, Golparian D, Unemo M. Recent advances in the development and use of molecular tests to predict antimicrobial resistance in Neisseria gonorrhoeae. Expert Rev Mol Diagn. 2017;17(9):845-859. https://doi.org/10.1080/14737159.2017.1360137