Genoma completo contra las bacterias resistentes: cómo lo vigilan los países

Qué se revisó

Investigadores del Instituto Robert Koch, en Alemania, buscaron los sistemas nacionales o regionales de vigilancia de bacterias resistentes, publicados entre 2012 y 2023, que unen dos cosas: la secuenciación del genoma completo (leer todo el ADN de la bacteria) y la información epidemiológica de los pacientes. Encontraron 41 publicaciones.

Qué bacterias vigilan

• Enterobacterias resistentes a los carbapenémicos (antibióticos betalactámicos de amplio espectro que se guardan como último recurso).
• Acinetobacter.
• SARM (Staphylococcus aureus resistente a la meticilina).
• ERV (enterococos resistentes a la vancomicina).

Cómo lo hacen

La mayoría usa secuenciación de lecturas cortas (fragmentos de ADN de pocos cientos de letras que luego se ensamblan) y compara las bacterias con dos métodos:

• MLST (tipificación por secuencias de varios genes: da a cada cepa un número de linaje);
• SNP (diferencias de una sola letra en el ADN): cuantas menos diferencias hay entre dos aislamientos, más probable es que vengan del mismo contagio.

Dónde falla

• El número de SNP para decir que dos aislamientos son del mismo brote cambia mucho de un sistema a otro.
• A menudo se recogen pocos datos de exposición del paciente, y sin ellos no se puede reconstruir cómo se transmitió.
• Hay vigilancia genómica de enterobacterias en las seis regiones de la OMS, pero para SARM y ERV faltan datos de África, el Mediterráneo oriental y el sudeste asiático.

El genoma dice qué tan parecidas son dos bacterias; la historia del paciente dice cómo pasaron de una persona a otra.