Autismo en Colombia: el exoma halló la causa genética en el 12 % de 916 pacientes

Qué se hizo

Un equipo de un laboratorio clínico de Bogotá revisó de forma retrospectiva los datos de 916 pacientes colombianos con TEA (trastorno del espectro autista) a los que se les hizo una secuenciación del exoma completo (lectura del ADN de los exones, la parte de los genes que se traduce en proteína: un 1-2 % del genoma donde se concentran la mayoría de las variantes que causan enfermedades monogénicas) entre 2022 y 2025.

Los rasgos clínicos de cada paciente se tradujeron a términos de la HPO (Human Phenotype Ontology, un vocabulario estandarizado en el que cada signo clínico tiene un código único, para que un programa pueda cruzar los rasgos con los genes). Las variantes se clasificaron con los criterios del ACMG (Colegio Americano de Genética Médica y Genómica) y de ClinGen (Clinical Genome Resource, consorcio que decide qué genes están de verdad ligados a cada enfermedad), que ordenan cada cambio en cinco escalones: patógena, probablemente patógena, de significado incierto, probablemente benigna y benigna.

Qué encontraron

• 112 de 916 pacientes (12,2 %) recibieron un diagnóstico molecular: 82 por variantes en genes o regiones ya asociados al autismo y 30 por hallazgos relacionados con otros rasgos clínicos que tenían.
• Describieron 16 variantes patógenas o probablemente patógenas nuevas, no publicadas antes, y 10 CNV (variaciones en el número de copias: trozos de ADN que faltan (deleción) o sobran (duplicación), de modo que los genes que contienen quedan con una sola copia o con tres, y la dosis de proteína cambia).
• En los casos estudiados en trío (se secuencia al niño y a sus dos padres a la vez, lo que permite ver si una variante se heredó o apareció nueva), el 70,9 % de los diagnósticos fueron de novo (variantes que ninguno de los padres lleva: surgen en el óvulo, el espermatozoide o el embrión muy temprano, por eso pueden aparecer en familias sin antecedentes y el riesgo de repetición en otro hijo suele ser bajo).
• Una mayor carga fenotípica (número de rasgos clínicos acompañantes, además del autismo: epilepsia, malformaciones, rasgos dismórficos, retraso del desarrollo) se asoció con más probabilidad de encontrar el diagnóstico. El predictor más fuerte, tras corregir por comparaciones múltiples, fue el retraso global del desarrollo.
• Los genes candidatos convergían en desarrollo neuronal, sinapsis y transporte de iones.

Cómo se compara con lo que ya se sabía

El rendimiento diagnóstico (porcentaje de pacientes en los que la prueba encuentra la causa genética) del 12,2 % confirma algo conocido: en el autismo, sobre todo el aislado, la mayoría de los pacientes se queda sin causa genética identificable con la tecnología actual, porque su origen suele ser poligénico: muchas variantes comunes de efecto pequeño que el exoma no da como diagnóstico. La guía del ACMG de 2021 recomienda considerar el exoma o el genoma como prueba de primera o segunda línea en niños con anomalías congénitas, retraso del desarrollo o discapacidad intelectual, justo el perfil que en esta serie tuvo más diagnósticos.

Qué significa y qué no

En Colombia, el exoma encontró la causa en aproximadamente uno de cada ocho pacientes con autismo, y el retraso global del desarrollo fue la pista que más se asoció a un diagnóstico.

Límites que debes tener en cuenta: es un estudio retrospectivo de un solo laboratorio, con pacientes a los que su médico ya había pedido el exoma, así que probablemente no representa a todos los niños con autismo del país. Que el exoma rinda menos en el autismo aislado no quiere decir que allí no sirva. El resumen no detalla la edad ni cuántos pacientes se estudiaron en trío, y las variantes nuevas necesitarán confirmación en otras series.

Fuentes del contexto

• Manickam K, McClain MR, Demmer LA, et al. Exome and genome sequencing for pediatric patients with congenital anomalies or intellectual disability: an evidence-based clinical guideline of the American College of Medical Genetics and Genomics (ACMG). Genet Med. 2021;23(11):2029-37. https://doi.org/10.1038/s41436-021-01242-6
• Richards S, Aziz N, Bale S, et al. Standards and guidelines for the interpretation of sequence variants: a joint consensus recommendation of the American College of Medical Genetics and Genomics and the Association for Molecular Pathology. Genet Med. 2015;17(5):405-24. https://doi.org/10.1038/gim.2015.30